Genoomanalyse helpt bij fokken van robuustere koeien. Genoomanalyse van 234 stieren heeft onderzoekers, waaronder enkele van Wageningen Livestock Research, op het spoor gebracht van DNA-varianten die bepaalde kenmerken bij fokstieren beïnvloeden. Zo blijken twee varianten verantwoordelijk voor verstoringen bij de ontwikkeling van embryo’s en voor krulhaar, dat nadelig is omdat er meer teken en parasieten voorkomen dan in kort, recht haar.
Veel varianten
Het zijn de eerste resultaten van het grote 1000 Bull Genomes project waar zo’n 30 internationale onderzoekers meewerken. Zij doen daarvan verslag in het nummer van het wetenschappelijke tijdschrift Nature Genetics. De meeste fokkerijkenmerken worden niet door één, maar door een veelvoud van varianten beïnvloed. Daarom is het belangrijk om alle varianten te kunnen gebruiken in de fokkerij, zeggen de Wageningse onderzoekers. Om dit mogelijk te maken, heeft Rianne van Binsbergen, promotie-onderzoekster bij het Animal Breeding and Genomics Centre van Wageningen UR onderzocht of de genomen van alle gangbare stieren in Nederland zijn in te vullen met behulp van deze 234 stieren. Op dit moment zijn deze stieren met markers van 50.000 of 700.000 DNA varianten gegenotypeerd. De positieve resultaten geven de richting aan voor verder onderzoek naar het praktische gebruik van de genoominformatie in de fokkerij.
Melk- en vleeskoeien
Het project laat zien hoe nuttig grootschalige DNA-analyses kunnen zijn, aldus prof. Roel Veerkamp, hoogleraar Numeriek genetica aan Wageningen University en ‘board member’ van het 1000 Bull Genomes project. Hij benadrukt dat er steeds meer eisen worden gesteld aan melk- en vleeskoeien: “Tot midden jaren negentig moest een koe vooral veel melk produceren. Maar sindsdien worden de eisen strenger. De boer zoekt naar robuustere koeien, met goede vruchtbaarheid, een langer leven, uiers die goede weerstand bieden tegen infecties, verbeterde klauwen en efficiëntere verwerking van het voer. Dat is een veelheid aan eigenschappen, die door een reeks genen worden aangestuurd.” Om die in een koe zo goed en snel mogelijk samen te brengen, is genomische selectie belangrijk voor bijvoorbeeld CRV, de internationale organisatie op het gebied van rundveeverbetering.
Stiergenoom
Het genoom van een stier bestaat uit 3 miljard ‘letters’. Bij de 234 onderzochte stieren vonden de wetenschappers in totaal ruim 28 miljoen posities op het DNA waar variatie zit. Op dit moment gebruikt CRV ongeveer 50,000 varianten, de zogeheten single nucleotide polymorphisms (SNP) voor genomic selection, door SNP-patronen van heel veel dieren te koppelen aan eigenschappen die belangrijk zijn voor robuustheid. Samen met CRV en de andere partners in het zogeheten Breed4Food-programma wordt onderzocht of met behulp van de nieuwe genoom informatie nog beter kan worden voorspeld welke eigenschappen de nakomeling krijgen.
De nu gepresenteerde analyse van fokstieren is de eerste fase van het 1.000 Bull Genomes project, een databank waarin de genomen van duizend stieren over de hele wereld moeten komen. De nu geanalyseerde stieren komen voornamelijk uit Australië, Nederland, Duitsland en Frankrijk.
Met dank aan het Bull Genomes project en WUR te Wageningen.
